Mato Kuroi acaba de entrar en el instituto y en su primer día, alguien le llama la atención; su compañero de clase Yomi Takanashi. El inocente e ingenuo Mato y el maduro Yomi. Aparentemente opuestos, pero el tiempo que pasan juntos no hace más que reforzar su amistad. Pero al entrar en su segundo año en la escuela, son colocados en clases separadas y comienzan a distanciarse. Pero en algún lugar, al mismo tiempo... En otro mundo, una joven con fuego azul en los ojos, Black Rock Shooter se enfrenta a otra joven que sostiene una guadaña negra, Dead Master, y comienza una batalla a muerte.