Después de su victoria contra Al-Thamen, Aladdin y sus amigos abandonan la tierra de Sindria. Con el final de la batalla, sin embargo, llega el momento de que cada uno de ellos vaya por caminos separados. A Hakuryuu y Kougyoku se les ordena regresar a su país de origen, el Imperio Kou. Mientras tanto, Aladdin anuncia que debe dirigirse a Magnostadt, un país misterioso gobernado por magos, para investigar los eventos misteriosos que ocurren en este nuevo reino y adquirir más habilidad en la magia. Por su parte, alentadas por las palabras de Aladdin, Alibaba y Morgiana también emprendieron la búsqueda de sus propios objetivos: entrenar e ir a su tierra natal, respectivamente.
Magi: El Reino de la Magia sigue a estos amigos a medida que avanzan en sus diferentes aventuras, cada uno enfrentando sus propios desafíos. Sin embargo, una nueva amenaza comienza a aumentar a medida que una gran guerra se avecina en el horizonte...